Existen miles de variedades de manzanas, y además de que cada especie tiene sus características organolépticas, el fruto del manzano puede adquirir diferentes cualidades en función de la tierra y del clima en el que se cultiva. En este aspecto, las variedades de manzana y los matices que esta puede desarrollar son tan amplios como los de la vid. A grandes rasgos y simplificando mucho (que nos perdonen los vascos y asturianos), en la elaboración de la sidra asturiana se utiliza principalmente una mezcla de manzanas amargas, ácidas y dulces, más pequeñas y menos atractivas que las de consumo habitual, mientras que en la sidra vasca se utilizan manzanas ligeramente más dulces.
Una de las variedades más comunes para elaborar la sidra vasca es la manzana llamada "txalaka" o "sidra", que es un poco menos ácida que las manzanas asturianas, aunque, al igual que en Asturias, actualmente se emplean decenas de variedades para sidras vascas, por lo que, hoy en día, se obtienen sidras muy diferentes en el mismo territorio.
Otras de las variedades de manzanas para sidra vasca más comunes son la aritza, la errezil o reineta, la gezamina, la goikoetxe, la manttoni, la moko, la mozulua, la patzolua, la udare marroi, la urdin sagarra, la urtebi handi, la urtebi txiki y la verde agria. Pese a que se utilizan unas 25 variedades de manzana para elaborar la sidra en Guipúzcoa, los organismos expertos calculan que existen más de mil variedades autóctonas vascas. La mayoría de estas manzanas, excepto, quizá la mozulua o la goikoetxe, son bajas en ácido fenólico, por lo que es probable que en las sidras vascas encontremos a la vista un color más pálidoo tenue que en las sidras asturianas.